Lecture

Everyone should read the following three papers:

Adams, M. D., S. E. Celniker, R. A. Holt, C. A. Evans, J. D. Gocayne, P. G. Amanatides, S. E. Scherer, P. W. Li, R. A. Hoskins, R. F. Galle, R. A. George, S. E. Lewis, S. Richards, M. Ashburner, S. N. Henderson, G. G. Sutton, J. R. Wortman, M. D. Yandell, Q. Zhang, L. X. Chen, R. C. Brandon, Y. H. Rogers, R. G. Blazej, M. Champe, B. D. Pfeiffer, K. H. Wan, C. Doyle, E. G. Baxter, G. Helt, C. R. Nelson, G. L. Gabor, J. F. Abril, A. Agbayani, H. J. An, C. Andrews-Pfannkoch, D. Baldwin, R. M. Ballew, A. Basu, J. Baxendale, L. Bayraktaroglu, E. M. Beasley, K. Y. Beeson, P. V. Benos, B. P. Berman, D. Bhandari, S. Bolshakov, D. Borkova, M. R. Botchan, J. Bouck, P. Brokstein, P. Brottier, K. C. Burtis, D. A. Busam, H. Butler, E. Cadieu, A. Center, I. Chandra, J. M. Cherry, S. Cawley, C. Dahlke, L. B. Davenport, P. Davies, B. de Pablos, A. Delcher, Z. Deng, A. D. Mays, I. Dew, S. M. Dietz, K. Dodson, L. E. Doup, M. Downes, S. Dugan-Rocha, B. C. Dunkov, P. Dunn, K. J. Durbin, C. C. Evangelista, C. Ferraz, S. Ferriera, W. Fleischmann, C. Fosler, A. E. Gabrielian, N. S. Garg, W. M. Gelbart, K. Glasser, A. Glodek, F. Gong, J. H. Gorrell, Z. Gu, P. Guan, M. Harris, N. L. Harris, D. Harvey, T. J. Heiman, J. R. Hernandez, J. Houck, D. Hostin, K. A. Houston, T. J. Howland, M. H. Wei, C. Ibegwam, M. Jalali, F. Kalush, G. H. Karpen, Z. Ke, J. A. Kennison, K. A. Ketchum, B. E. Kimmel, C. D. Kodira, C. Kraft, S. Kravitz, D. Kulp, Z. Lai, P. Lasko, Y. Lei, A. A. Levitsky, J. Li, Z. Li, Y. Liang, X. Lin, X. Liu, B. Mattei, T. C. McIntosh, M. P. McLeod, D. McPherson, G. Merkulov, N. V. Milshina, C. Mobarry, J. Morris, A. Moshrefi, S. M. Mount, M. Moy, B. Murphy, L. Murphy, D. M. Muzny, D. L. Nelson, D. R. Nelson, K. A. Nelson, K. Nixon, D. R. Nusskern, J. M. Pacleb, M. Palazzolo, G. S. Pittman, S. Pan, J. Pollard, V. Puri, M. G. Reese, K. Reinert, K. Remington, R. D. Saunders, F. Scheeler, H. Shen, B. C. Shue, I. Siden-Kiamos, M. Simpson, M. P. Skupski, T. Smith, E. Spier, A. C. Spradling, M. Stapleton, R. Strong, E. Sun, R. Svirskas, C. Tector, R. Turner, E. Venter, A. H. Wang, X. Wang, Z. Y. Wang, D. A. Wassarman, G. M. Weinstock, J. Weissenbach, S. M. Williams, WoodageT, K. C. Worley, D. Wu, S. Yang, Q. A. Yao, J. Ye, R. F. Yeh, J. S. Zaveri, M. Zhan, G. Zhang, Q. Zhao, L. Zheng, X. H. Zheng, F. N. Zhong, W. Zhong, X. Zhou, S. Zhu, X. Zhu, H. O. Smith, R. A. Gibbs, E. W. Myers, G. M. Rubin and J. C. Venter 2000 The genome sequence of Drosophila melanogaster. Science 287, 2185-2195.

Celniker, S. E., D. A. Wheeler, B. Kronmiller, J. W. Carlson, A. Halpern, S. Patel, M. Adams, M. Champe, S. P. Dugan, E. Frise, A. Hodgson, R. A. George, R. A. Hoskins, T. Laverty, D. M. Muzny, C. R. Nelson, J. M. Pacleb, S. Park, B. D. Pfeiffer, S. Richards, E. J. Sodergren, R. Svirskas, P. E. Tabor, K. Wan, M. Stapleton, G. G. Sutton, C. Venter, G. Weinstock, S. E. Scherer, E. W. Myers, R. A. Gibbs and G. M. Rubin 2002 Finishing a whole-genome shotgun: release 3 of the Drosophila melanogaster euchromatic genome sequence. Genome Biol. 3, RESEARCH0079.

Misra, S., M. A. Crosby, C. J. Mungall, B. B. Matthews, K. S. Campbell, P. Hradecky, Y. Huang, J. S. Kaminker, G. H. Millburn, S. E. Prochnik, C. D. Smith, J. L. Tupy, E. J. Whitfied, L. Bayraktaroglu, B. P. Berman, B. R. Bettencourt, S. E. Celniker, A. D. de Grey, R. A. Drysdale, N. L. Harris, J. Richter, S. Russo, A. J. Schroeder, S. Q. Shu, M. Stapleton, C. Yamada, M. Ashburner, W. M. Gelbart, G. M. Rubin and S. E. Lewis 2002 Annotation of the Drosophila melanogaster euchromatic genome: a systematic review. Genome Biol. 3, RESEARCH0083.

Useful background (will be touched on in the lectures):

Rubin, G. M., M. D. Yandell, J. R. Wortman, G. L. Gabor Miklos, C. R. Nelson, I. K. Hariharan, M. E. Fortini, P. W. Li, R. Apweiler, W. Fleischmann, J. M. Cherry, S. Henikoff, M. P. Skupski, S. Misra, M. Ashburner, E. Birney, M. S. Boguski, T. Brody, P. Brokstein, S. E. Celniker, S. A. Chervitz, D. Coates, A. Cravchik, A. Gabrielian, R. F. Galle, W. M. Gelbart, R. A. George, L. S. Goldstein, F. Gong, P. Guan, N. L. Harris, B. A. Hay, R. A. Hoskins, J. Li, Z. Li, R. O. Hynes, S. J. Jones, P. M. Kuehl, B. Lemaitre, J. T. Littleton, D. K. Morrison, C. Mungall, P. H. O'Farrell, O. K. Pickeral, C. Shue, L. B. Vosshall, J. Zhang, Q. Zhao, X. H. Zheng and S. Lewis 2000 Comparative genomics of the eukaryotes. Science 287, 2204-2215.

Oliver, B. 2002 Drosophila melanogaster, two years into the post-genomic era. Genome Biol. 3, REPORTS4021.

Bergman, C. M., B. D. Pfeiffer, D. E. Rincon-Limas, R. A. Hoskins, A. Gnirke, C. J. Mungall, A. M. Wang, B. Kronmiller, J. Pacleb, S. Park, M. Stapleton, K. Wan, R. A. George, P. J. de Jong, J. Botas, G. M. Rubin and S. E. Celniker 2002 Assessing the impact of comparative genomic sequence data on the functional annotation of the Drosophila genome. Genome Biol. 3, RESEARCH0086.

Lewis, S. E., S. M. Searle, N. Harris, M. Gibson, V. Lyer, J. Richter, C. Wiel, L. Bayraktaroglir, E. Birney, M. A. Crosby, J. S. Kaminker, B. B. Matthews, S. E. Prochnik, C. D. Smithy, J. L. Tupy, G. M. Rubin, S. Misra, C. J. Mungall and M. E. Clamp 2002 Apollo: a sequence annotation editor. Genome Biol. 3, RESEARCH0082.

Mungall, C. J., S. Misra, B. P. Berman, J. Carlson, E. Frise, N. Harris, B. Marshall, S. Shu, J. S. Kaminker, S. E. Prochnik, C. D. Smith, E. Smith, J. L. Tupy, C. Wiel, G. M. Rubin and S. E. Lewis 2002 An integrated computational pipeline and database to support whole-genome sequence annotation. Genome Biol. 3, RESEARCH0081.

Ohler, U., G. C. Liao, H. Niemann and G. M. Rubin 2002 Computational analysis of core promoters in the Drosophila genome. Genome Biol. 3, RESEARCH0087.

Stapleton, M., J. Carlson, P. Brokstein, C. Yu, M. Champe, R. George, H. Guarin, B. Kronmiller, J. Pacleb, S. Park, K. Wan, G. M. Rubin and S. E. Celniker 2002 A Drosophila full-length cDNA resource. Genome Biol. 3, RESEARCH0080.

Everyone should read the following two papers:

Celniker, S. E., D. A. Wheeler, B. Kronmiller, J. W. Carlson, A. Halpern, S. Patel, M. Adams, M. Champe, S. P. Dugan, E. Frise, A. Hodgson, R. A. George, R. A. Hoskins, T. Laverty, D. M. Muzny, C. R. Nelson, J. M. Pacleb, S. Park, B. D. Pfeiffer, S. Richards, E. J. Sodergren, R. Svirskas, P. E. Tabor, K. Wan, M. Stapleton, G. G. Sutton, C. Venter, G. Weinstock, S. E. Scherer, E. W. Myers, R. A. Gibbs and G. M. Rubin 2002 Finishing a whole-genome shotgun: release 3 of the Drosophila melanogaster euchromatic genome sequence. Genome Biol. 3, RESEARCH0079.

Misra, S., M. A. Crosby, C. J. Mungall, B. B. Matthews, K. S. Campbell, P. Hradecky, Y. Huang, J. S. Kaminker, G. H. Millburn, S. E. Prochnik, C. D. Smith, J. L. Tupy, E. J. Whitfied, L. Bayraktaroglu, B. P. Berman, B. R. Bettencourt, S. E. Celniker, A. D. de Grey, R. A. Drysdale, N. L. Harris, J. Richter, S. Russo, A. J. Schroeder, S. Q. Shu, M. Stapleton, C. Yamada, M. Ashburner, W. M. Gelbart, G. M. Rubin and S. E. Lewis 2002 Annotation of the Drosophila melanogaster euchromatic genome: a systematic review. Genome Biol. 3, RESEARCH0083.

Paper 1:

Hoskins, R. A., C. D. Smith, J. W. Carlson, A. B. Carvalho, A. Halpern, J. S. Kaminker, C. Kennedy, C. J. Mungall, B. A. Sullivan, G. G. Sutton, J. C. Yasuhara, B. T. Wakimoto, E. W. Myers, S. E. Celniker, G. M. Rubin and G. H. Karpen 2002 Heterochromatic sequences in a Drosophila whole-genome shotgun assembly. Genome Biol. 3, RESEARCH0085.

Paper 2:

Kaminker, J. S., C. M. Bergman, B. Kronmiller, J. Carlson, R. Svirskas, S. Patel, E. Frise, D. A. Wheeler, S. E. Lewis, G. M. Rubin, M. Ashburner and S. E. Celniker 2002 The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective. Genome Biol. 3, RESEARCH0084.

Paper 3:

Yuan, G., C. Klambt, J. P. Bachellerie, J. Brosius and A. Huttenhofer 2003 RNomics in Drosophila melanogaster: identification of 66 candidates for novel non-messenger RNAs. Nucleic Acids Res. 31, 2495-2507.